一、認證性質不同

3C認證是強制認證，而ISO9001、TS16949等質量管理體系是自愿的，國家并不要求強制執行。

二、認證對象不同

3C認證的對象是產品，而ISO9001、TS16949等質量管理體系認證的是生產廠家管理方式的認證。也就是說，3C認證是對產品的認證，ISO9001、TS16949等質量管理體系是對工廠的質量管理體系的認證，通過認證的工廠能說工廠的管理通過了質量管理體系認證，但不能說該工廠的產品通過了質量管理體系認證。

三、認證模式不同

3C認證的模式是型式試驗+工廠質量保證能力檢查+發證后監督，認證目的是產品本身的質量達到要求并且關注產品的整體結構、關鍵元器件是否和型式試驗時保持一致。而ISO9001、TS16949等質量管理體系的認證方式是工廠質量管理體系檢查+發證后監督，認證目的是通過對工廠質量管理體系的檢查來判斷工廠是否建立了符合體系要求的質量管理體系。